Das Departementssekretariat unterstützt den Departementsvorsteher bei der Planung und Organisation der Tätigkeit des Departements, der Vorbereitung der Geschäfte des Regierungsrats, des Kantonsrats und der interkantonalen Konferenzen, der Koordinierung innerhalb des Departements, zwischen den Departementen und mit der Staatskanzlei, der Kommunikation und Öffentlichkeitsarbeit sowie der Verwaltungssteuerung (Controlling). Es nimmt die Aufgaben der öffentlichen Wirtschaftsförderung als Koordinationsstelle für Wirtschaftsfragen innerhalb der Verwaltung wahr, ist Bindeglied für die interkantonale Zusammenarbeit sowie Europafragen. Seit 1. Juli 2022 ist das Departementssekretariat zudem für die Prämienverbilligung der Krankenversicherung zuständig und führt die kantonale Koordinationsstelle zwischen Versicherer, Kanton, Gemeinden und Ausgleichskassen. Zusätzlich ist es die verwaltungsinterne Ansprechstelle für die Ausgleichskasse Obwalden und die IV-Stelle.