Die Justizverwaltung (ab 1. Januar 2011: Amt für Justiz) ist für folgende Aufgabenbereiche zuständig:

• Zivil-, Straf- und teilweise Verwaltungsrechtsgesetzgebung, eingeschlossen Prozessrecht
• Straf- und Massnahmenvollzug, Bewährungshilfe, Gefängnisverwaltung, Begnadigungen, Inkasso in Strafsachen
• zivilrechtliche Verhältnisse (Namensänderungen, Miete und Pacht) 
• Verfassungsrecht
• Volksrechte (Initiative und Referendum, Wahl- und Abstimmungsrecht)
• Schuldbetreibungs- und Konkurswesen (Betreibungen und Konkurse)
• Bürgerrecht / Einbürgerungen
• Gleichstellung von Frau und Mann
• Aufsicht über die Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften wie Korporationen, Alpgenossenschaften und Teilsamen
• öffentliche Versteigerungen
• Enteignungsrecht
• Beurkundungsrecht und Anwaltsrecht
• Sekretariat der Steuerrekurskommission

Die Justizverwaltung besteht aus
der Amtsleitung
der Abteilung Betreibung und Konkurs
der Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug sowie
dem Zivilstandsinspektorat.

Organisatorisch zugeordnet sind ihr weiter
die Anwaltskommission
die Notariatskommission
die Steuerrekurskommission
die Fachstelle für die Gleichstellung von Frau und Mann der Kantone Obwalden und Nidwalden
die Schätzungskommission in Enteignungssachen sowie
die Schlichtungsbehörde für Miete und Pacht.